Referat Wodny Straży Miejskiej w Szczecinie zajmuje się przede wszystkim utrzymaniem porządku i bezpieczeństwa na obszarach wodnych w granicach miasta, a także na przyległych terenach. Działania te obejmują m.in. kontrolę przestrzegania prawa, zapobieganie wykroczeniom, współpracę z innymi służbami (np. Policją, WOPR-em czy Państwową Strażą Rybacką) oraz działania w zakresie ochrony środowiska.
Funkcjonariusze patrolują rzeki, kanały i jeziora w granicach miasta, sprawdzając, czy nie dochodzi do naruszeń przepisów dotyczących m.in. wędkowania, kąpieli w miejscach objętych zakazem, cumowania czy składowania odpadów,zanieczyszczania akwenów, pływających przeszkód
Funkcjonariusze prowadzą kontrole w celu zapobiegania zanieczyszczaniu wód, nielegalnemu wycinaniu drzew na terenach przywodnych oraz innym działaniom szkodliwym dla środowiska.
W razie wypadków, awarii lub innych zagrożeń na wodzie, funkcjonariusze interweniują, udzielając pomocy osobom potrzebującym oraz zabezpieczając teren.
Referat Wodny prowadzi działania informacyjne i edukacyjne, mające na celu podnoszenie świadomości mieszkańców na temat zasad bezpieczeństwa i dbałości o środowisko na terenach wodnych.